Tỏi Lý Sơn không quá to, nhưng rất nhiều múi, mùi thơm dịu nhẹ, chứ không hăng và cay vừa phải, khác hẳn các loại tỏi khác. Đặc thù riêng này là do thổ nhưỡng của hòn đảo mang lại. Nhưng mùi thơm dịu nhẹ của tỏi Lý Sơn lại không phải từ loại đất đỏ này, mà là từ cát biển chung quanh đảo.
Hàng năm, sau mỗi vụ tỏi, người nông dân phải cào lớp cát mỏng được rải trên mặt ruộng tỏi và rải một lớp cát mỏng khác xuống, trước khi trồng vụ mới. Chất lượng của củ tỏi phụ thuộc rất nhiều vào lớp cát này.
Tuy nhiên, cũng chính vì để giữ được nét đặc thù cho tỏi Lý Sơn như thế, hàng năm, dân trồng tỏi đã khai thác cạn kiệt nguồn cát quanh đảo, tạo điều kiện cho thuỷ triều xâm thực mạnh. Đã có 43ha đất bị mất do nạn xâm thực của thuỷ triều trong vòng 50 năm qua tại Lý Sơn.
Nhà nước và địa phương đã phải bỏ ra hàng chục tỉ đồng để làm bờ kè giữ đảo. Dân Lý Sơn đành quay về với cách làm truyền thống, song cát được hút từ biển vào chứ không "móc hàm ếch" vào thân đảo nữa.
Xem ra công bố thương hiệu chỉ là một cách "xí chỗ" chứ không mang tính quyết định để cây tỏi có thể nuôi được hai vạn dân Lý Sơn. Một trong những mối lo đang đe doạ dân trồng tỏi, đó là nguồn cát - điều làm nên đặc trưng cho tỏi Lý Sơn- ngày một cạn kiệt dần trước sự bất lực của chính quyền sở tại và các nhà khoa học.
